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JACS: IGF2-融合溶酶體靶向嵌合體用于降解細胞外和膜蛋白

來源:化學加原創(chuàng)      2023-11-22
導讀:近日,新加坡國立大學姚少欽、浙江工業(yè)大學葛璟燕和大連理工大學都書博團隊共同報道了一系列與胰島素樣生長因子2(IGF2)融合的重組蛋白iLYTACs。這些蛋白可以在幾天內(nèi)通過標準的克隆和細菌表達方法方便且高產(chǎn)率的獲得。I型iLYTAC和II型iLYTAC均可有效的通過溶酶體靶向和降解各種細胞外和膜結(jié)合蛋白。iLYTAC代表了一種方便和選擇性靶向蛋白質(zhì)降解的通用和模塊化策略,從而擴大了當前LYTAC和相關(guān)技術(shù)的潛在應用。文章鏈接DOI:10.1021/jacs.3c08886

正文

人類中超過30%的編碼蛋白質(zhì)的基因表達細胞外或細胞表面蛋白質(zhì)。其中許多蛋白在各種病理生理條件下發(fā)揮著關(guān)鍵作用。近年來,靶向蛋白降解(TPD)技術(shù)已成為靶向傳統(tǒng)不可成藥蛋白的新型高效治療方式。然而,大多數(shù)TPD相關(guān)策略,包括PROTAC、分子膠和AUTAC等,只能降解胞質(zhì)蛋白或具有胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域的膜蛋白。在此,作者報道了iLYTACs,并通過一系列實驗證實了iLYTAC可以用于擴展當前LYTAC和相關(guān)技術(shù)的潛在應用。下載化學加APP到你手機,更加方便,更多收獲。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

IGF2R結(jié)構(gòu)域11特異性結(jié)合IGF2。結(jié)合后,IGF2–IGF2R復合物經(jīng)歷細胞運輸進入溶酶體,最終導致IGF2降解。作者首先驗證了IGF2的這種特殊性質(zhì)可以被用作一種有效的溶酶體靶向受體(LTR)配體,以實現(xiàn)細胞外和膜蛋白的廣泛有效的溶酶體遞送和降解(圖1A、B和S1)。在概念驗證實驗中,作者證實了細胞外生物素結(jié)合蛋白NeutrAvidin protein DyLight 650/488(NA650/NA488,圖1C和S2)的成功細胞攝取和溶酶體遞送。細胞的蛋白質(zhì)組裂解物的凝膠內(nèi)熒光掃描分析顯示,IGF2介導的NA488攝取與時間相關(guān),顯著攝取在2小時開始發(fā)生,并持續(xù)24小時(圖S2C),且在洗出后2小時明顯觀察到NA488帶的熒光強度顯著降低,表明NA488的溶酶體降解成功。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者試圖將基于IGF2的iLYTAC建立為一個通用、方便和模塊化的平臺(圖1D)。I型iLYTACs是IGF2與POI結(jié)合物或納米體融合的產(chǎn)物,即IGF2-TB。II型iLYTAC(也稱為IGF2-Z)是免疫球蛋白G(IgG)的Z結(jié)構(gòu)域與IGF2融合,從而能夠融合大多數(shù)市售mAb(圖1E)。作者總共構(gòu)建了四種I型iLYTACs,即IGF2-AfEGFR、IGF2-AfSyn、IGF2-NbGFP和IGF2-NbPDL1

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

接下來,作者進行了BLI實驗,確證了iLYTACs中的IGF2仍保持對IGF2R的結(jié)合活性(圖2E和S7)。用LysoTracker Green對IGF2-TB處理的細胞進行的進一步共定位實驗顯示,大多數(shù)內(nèi)化的IGF2-TB的溶酶體定位成功(圖2I和S8C)。作者在K562和HeLa細胞中用IGF2-AfEGFR進行了競爭攝取測定(圖S9A),進一步驗證了IGF2/IGF2R輔助攝取IGF2-TB。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

接下來,作者確證了iLYTACs能夠介導疾病相關(guān)的細胞外蛋白和膜蛋白的溶酶體降解(圖3A–D和S10A,B)。此外,添加了溶酶體抑制劑Baf和氯喹CQ后顯著抑制了EGFR降解,進一步證實了溶酶體降解機制(圖3E)。作者進一步評估了IGF2-AfEGFR如何影響EGFR的下游信號傳導。急性EGF刺激(100 ng/mL,20分鐘)沒有降低EGFR水平,但顯著增強了磷酸化(圖3F,泳道2)。單獨用IGF2或AfEGFR預處理沒有改變EGF刺激后EGFR的Y1068的磷酸化狀態(tài)(圖3F,泳道3和4)。然而,作者觀察到pEGFR表達在IGF2-AfEGFR處理的細胞中顯著減少(圖3F,泳道5),這表明與西妥昔單抗(Cet)/AfEGFR結(jié)合相比,IGF2-AfEGFR去除EGFR在抑制下游激酶信號傳導方面更有效。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

為了進一步驗證iLYTACs的普適性和靈活性,作者接下來設計并得到了靶向PD-L1的iLYTACs IGF2-NbPDL1和IGF2-3-NbPDL1。觀察到了與IGF2-AfEGFR類似的效果(圖3G、H、S10D和S8D)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者進一步評估了iLYTAC介導的細胞外蛋白降解。GFP和α-Syn被用作靶向蛋白;相應的iLYTAC IGF2-NbGFP (圖 4A,4B)和IGF2-AfSyn(圖4C,D)均對GFP和α-Syn表現(xiàn)出降解能力。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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隨后,為了探索在II型iLYTAC(或IGF2-Z)的基礎上開發(fā)通用降解平臺的可能性,作者使用類似于生產(chǎn)I型iLYTACs的方法將IGF2-Z在大腸桿菌中表達、純化并表征(圖5A和S3–S8)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

接下來,作者評估了IGF2-Z與Cet聯(lián)合是否可以降解內(nèi)源性EGFR(圖5E和S13A,B);WB分析顯示,與Cet和IGF2-Z共同孵育的HeLa細胞內(nèi)的EGFR水平以劑量和時間依賴的方式顯著降低,在用摩爾比1:10 Cet/IGF2-Z 24小時孵育處理的細胞中觀察到有效的EGFR降解。IGF2和Z結(jié)構(gòu)域之間的連接體的長度不影響降解效率(圖S13C)。這種降解被溶酶體抑制劑抑制(圖5F)。免疫熒光和CLSM顯示,在用Cet+IGF2-Z處理的細胞中,膜結(jié)合的EGFR信號成功地輸送到主要的溶酶體(圖5G)。與用IGF2-AfEGFR處理細胞的I型iLYTAC相比(圖3B–F),作者觀察到在EGF刺激后,用Cet+IGF2-Z處理的HeLa細胞中pEGFR和pAKT(S473;EGFR的下游靶標)的水平更顯著地降低(圖5H)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

為了進一步驗證IGF2-Z的普適性,作者研究了IGF2-Z降解CD20的能力。結(jié)果發(fā)現(xiàn),用IGF2-Z+Ritu處理Raji細胞后,比單獨用Ritu或IGF2-Z處理的細胞的CD20水平低得多(圖5I和S13E)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者選擇IGF2-Z來評估其在小鼠中的藥代動力學和生物分布。靜脈注射Cy5標記的IGF2-Z、Cet和Cy5(圖S14A)?;谔幚硇∈笪惭袩晒鈴姸鹊那宄曙@示,僅使用Cy5染料的清除率最快,其次是IGF2-Z,最后是Cet(圖6A),這與分子大小影響藥代動力學的已知現(xiàn)象一致。主要器官的離體熒光成像也顯示出類似的清除趨勢(圖S14B–D);IGF2-Z與Cet的復合物形成并沒有顯著影響IGF2-Z的清除率,這可能是由于血液中IgG水平高得多。此外,在IGF2-Z或Cet-5-h處理的小鼠中,觀察到肝臟的攝取最高。5小時時在腎臟中檢測到強烈信號,表明IGF2-Z正在迅速從血液循環(huán)中清除(圖6B和S14D)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者使用HeLa細胞異種移植的Balb/c裸鼠,在體內(nèi)評估iLYTACs的治療潛力。結(jié)果表明,用IGF2-Z+Cet治療的小鼠的腫瘤體積和重量下降了~50%,而用IGF2-AfEGFR治療的小鼠腫瘤體積和體重下降水平略低(圖6E和F)。WB結(jié)果也表明通過使用iLYTAC,體內(nèi)EGFR成功降解(圖6G/H)。

總結(jié)

新加坡國立大學姚少欽、浙江工業(yè)大學葛璟燕和大連理工大學都書博團隊共同首次報道了一種用于降解細胞外蛋白和膜蛋白的重組嵌合IGF2融合蛋白iLYTACs。iLYTACs蛋白可以通過大腸桿菌以簡單高產(chǎn)的方式獲得,在治療癌癥和神經(jīng)退行性疾病均具有極大的潛力。iLYTACs代表了一種方便地選擇性靶向細胞外蛋白質(zhì)和膜蛋白降解的通用和模塊化策略,擴大了當前LYTACs和相關(guān)技術(shù)的潛在應用。

文獻詳情:

Bei ZhangRajeev Kungur BrahmaLiquan Zhu,Jiayi FengShiqi Hu, Linghui Qian,Shubo Du*,Shaoqin Yao*,Jingyan Ge*. Insulin-like Growth Factor 2 (IGF2)-Fused Lysosomal Targeting Chimeras for Degradation of Extracellular and Membrane Proteins. J Am Chem Soc2023, https://doi.org/10.1021/jacs.3c08886

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