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中國科學院上海藥物研究所柳紅/楊財廣/李淳樸團隊Angew:新型共價ALKBH5抑制劑的發(fā)現(xiàn)及抗AML活性研究

來源:中國科學院上海藥物研究所      2025-03-05
導讀:近日,中國科學院上海藥物所柳紅/李淳樸研究團隊聯(lián)合中國科學院上海藥物所楊財廣研究團隊在Angew. Chem. Int. Ed.雜志發(fā)表了題為“Discovery of Covalent and Cell‐Active ALKBH5 Inhibitors with Potent Antileukemia Effects In Vivo”的研究論文,報道了一種靶向ALKBH5中Cys200殘基的共價抑制劑并對該化合物進行了深入的抗急性髓系白血?。ˋcute myeloid leukemia,AML)活性研究及作用機制驗證。

正文

作為分子生物學中逐步興起的RNA表觀遺傳學領(lǐng)域,RNA化學修飾在多種疾病中的作用被逐步闡明。其中,m6A修飾作為豐度最高的修飾之一已被證實可影響多種疾病中的關(guān)鍵致病基因組的轉(zhuǎn)錄及表達。ALKBH5作為m6A修飾的擦除器蛋白,其可通過調(diào)控RNA中m6A修飾從而影響疾病進展,在急性髓系白血病中,ALKBH5的過表達導致下游致癌基因轉(zhuǎn)錄組穩(wěn)定性增強進而導致致癌蛋白過表達最終導致癌癥惡性進展。目前通過化學小分子干預調(diào)控其活性仍然存在巨大挑戰(zhàn)。

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圖1 18l的ALKBH5抑制活性及共價作用機制驗證

Cys200殘基作為ALKBH5特有的非催化共價位點,位于ALKBH5的ssRNA底物結(jié)合口袋附近,研究人員設(shè)想通過靶向該位點進行共價修飾,從而干擾底物與ALKBH5結(jié)合,起到選擇性活性抑制作用。通過前期篩選及構(gòu)效關(guān)系研究,研究人員得到了以馬來酰亞胺作為共價彈頭的優(yōu)選化合物18l(ALKBH5 IC50 = 620 nM。通過多種體外實驗,證實了18l是通過共價修飾Cys200抑制ALKBH5酶活性,且該種修飾可阻止底物結(jié)合ALKBH5。此外,對于FTO和多種Cys蛋白酶,18l具有對ALKBH5的良好選擇性。

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圖2 18l在血液瘤細胞中的抗腫瘤作用研究

在體外驗證化合物18l對ALKBH5的抑制活性后,研究人員對化合物的細胞水平活性進行了測試。結(jié)果表明化合物18l可以抑制AML細胞增殖(NB4 cell IC50 = 630 nM),促進AML細胞凋亡、分化為正常細胞、阻滯細胞周期,并抑制細胞內(nèi)ALKBH5介導的信號通路表達,此外,18l可提升NB4細胞內(nèi)RNA中m6A水平,表明化合物可在胞內(nèi)抑制ALKBH5。

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圖3 18l的靶向性及作用機制研究

為驗證18l的酶水平ALKBH5抑制活性與抗AML細胞表型的關(guān)聯(lián)性,研究人員進行了非修飾的靶向性驗證以及基于ABPP的化學蛋白質(zhì)組學研究。在非修飾性實驗中,18l可改變ALKBH5的蛋白酶耐受性、熱穩(wěn)定性從而證明了化合物的胞內(nèi)在靶性。ABPP蛋白質(zhì)組學實驗中,基于18l的化學探針可結(jié)合ALKBH5,質(zhì)譜結(jié)果證實了18lAML細胞內(nèi)可結(jié)合ALKBH5。

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圖4 18l的體內(nèi)抗腫瘤藥效學研究

最后,研究人員在AML細胞小鼠異種移植瘤模型中進行了18l的體內(nèi)抗腫瘤藥效學研究,在1 mg/kg2.5 mg/kg給藥劑量下,18l均可有效抑制腫瘤生長,抑瘤率分別為66.3%76.8%,且動物體重未出現(xiàn)明顯下降,展現(xiàn)出了該化合物的良好體內(nèi)藥效。


總結(jié)

柳紅/楊財廣/李淳樸團隊報道了一種靶向Cys200共價抑制ALKBH5的小分子18l該化合物表現(xiàn)出強效的ALKBH5抑制活性和較好的選擇性,在針對AML的體外和體內(nèi)藥效學研究中顯示出優(yōu)秀的抗腫瘤作用。通過CETSA、DARTS以及基于ABPP的化學蛋白質(zhì)組學等多種化學生物學手段進行了深入的作用機制驗證,闡明了ALKBH5抑制劑18l發(fā)揮抗AML作用的機制,RNA表觀遺傳領(lǐng)域的精準化學調(diào)控提供了新的指導思路。

中國科學院上海藥物研究所柳紅研究員楊財廣研究員、李淳樸研究員為本論文共同通訊作者,中國科學院上海藥物研究所博士研究生吳恒搏、賴淦強、程瑞翔為本論文共同第一作者。該項工作得到了中國科學院上海藥物研究所周虎研究員的支持。該項研究獲得了國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金、中國科學院青年創(chuàng)新促進會的資助。

文獻詳情:

Discovery of Covalent and Cell-Active ALKBH5 Inhibitors with Potent Antileukemia Effects In Vivo
Hengbo Wu, Gan-qiang Lai, Ruixiang Cheng Hui Huang, Ju Wang, Zeyu Liu, Jing Gao, Hu Zhou, Chunpu Li*, Cai-guang Yang*, Hong Liu*
Angewandte Chemie International Edition2025

https://doi.org/10.1002/anie.202424928

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