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導(dǎo)師1人、學(xué)生1人、計算機(jī)1套,全合成Nature一篇!

來源:化學(xué)加原創(chuàng)      2025-01-03
導(dǎo)讀:近日,Scripps研究所的Ryan A. Shenvi教授課題組在天然產(chǎn)物合成過程中建立了一個虛擬庫,這個庫包含了合成后期的中間體類似物,對這些類似物根據(jù)反應(yīng)性進(jìn)行分類并改變合成路線,可高效實現(xiàn)25種天然產(chǎn)物picrotoxanes的簡潔合成。該方法作為人工或計算機(jī)輔助合成規(guī)劃(computer-assisted synthesis planning,CASP)的附加搜索,有望加速復(fù)雜分子的合成。文章DOI:10.1038/s41586-024-08538-y。值得一提的是,本文僅有兩位作者,1位導(dǎo)師,1位學(xué)生,導(dǎo)師是曾經(jīng)師從Phil S. Baran教授和E. J. Corey教授的Ryan A. Shenvi,學(xué)生是本科畢業(yè)于中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)的李春雨,而且名字以中文的形式出現(xiàn)在Nature版面上。

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正文

Picrotoxanes類天然產(chǎn)物存在于多種植物中,大多數(shù)是γ-氨基丁酸A受體(GABAAR)的選擇性拮抗劑。其結(jié)構(gòu)主要包括三種類型:picrotoxinin(PXN),T型如tutin,C型如corianin。之前tutin,corianin和 coriamyrtin 的合成分別需要43步(0.0013%)、30步(0.27%)和至少15步(0.01%),且沒有得到類似物,無法進(jìn)行系統(tǒng)的活性研究。   歡迎下載化學(xué)加APP到手機(jī)桌面,合成化學(xué)產(chǎn)業(yè)資源聚合服務(wù)平臺。

Ryan A. Shenvi之前合成Picrotoxanes旗艦成員PXN的路線(J. Am. Chem. Soc2020142, 11376)依賴于C15甲基氧化來構(gòu)建A環(huán)內(nèi)酯。在隨后兩年多的時間里,作者對PXN合成方法進(jìn)行了多次重新設(shè)計,都未能成功,這是由于B環(huán)上的微小變化會導(dǎo)致1,5-氫原子轉(zhuǎn)移(1,5-HAT)步驟更傾向于β-斷裂(圖1b)。為了避免傳統(tǒng)合成中費(fèi)力的猜測和檢查經(jīng)驗方法,近日,作者設(shè)計了虛擬關(guān)鍵中間體庫,通過計算模擬、參數(shù)化篩選,高效助力了該家族25個天然分子的全合成(圖1c)。 

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圖1. 觀察和研究設(shè)計

(圖片來源:Nature

Picrotoxanes的新合成路線如下:4先發(fā)生α-乙烯基化得到5,5發(fā)生立體選擇性Aldol反應(yīng)再脫水得到66經(jīng)分子內(nèi)Aldol環(huán)化、溴醚化和Johnson-Lemieux氧化得到醛7。7經(jīng)Rh-催化反應(yīng)得到三烯88可以原位分離或發(fā)生雙羥化得到9a,或經(jīng)thexylborane介導(dǎo)的硼氫化得到9b。 

實驗中涉及的兩種反應(yīng)途徑1,5-HAT和β-裂解,使用Gaussian 16 軟件包和Scripps Garibaldi集群建模。作者在uM062X-D3功能水平上使用6-311+G(d, p)基組和SMD溶劑模型考察評估了30種同類物虛擬化合物。 

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圖2. 合成條目和虛擬庫

(圖片來源:Nature

超過一半的虛擬庫更傾向于β-斷裂,但有幾個成員更傾向HAT。其中,風(fēng)險最高/回報最高的子目標(biāo)是雙環(huán)氧化合物10,它含有tutin本身的天然張力B環(huán)。為了從9a獲得HAT底物,首先將其立體選擇性縮醛化為亞芐基縮醛(圖3),Pt/C催化氫化原位進(jìn)行,得到15單一非對映異構(gòu)體,而9a的氫化得到1.7:1的 dr。酯用LDA拔氫,在-60 °C下進(jìn)行γ-選擇性氧化,然后DIBAL還原,得到16。16甲磺酰化,然后進(jìn)行分子內(nèi)烯丙基取代,得到單環(huán)氧化物17。17轉(zhuǎn)化為18,接著進(jìn)行Suárez 1,5-HAT。1,5-HAT醚化產(chǎn)物19為主要產(chǎn)物,產(chǎn)率為83-96%。醚氧化成橋接內(nèi)酯20,然后用Zn0進(jìn)行β-溴醚還原裂解,再用SmI2和水進(jìn)行苯甲酸酯脫保護(hù),12-18步內(nèi)得到(+)-tutin (1),總產(chǎn)率為8.4-20.3%。 

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圖3. 使用計算的中間體合成三種picrotoxanes 

(圖片來源:Nature

甲磺酸酯21經(jīng)還原可得到(+)-corianin (2),而甲磺酸酯21本身可通過酯還原、環(huán)氧化、甲磺酰化從15獲得,總之,以13-20步,總產(chǎn)率為3.6-6.9%可合成(+)-2。作者還測試了碘代環(huán)氧物12。9b衍生得到烯丙醇24,Suárez條件下,烯丙醇得到環(huán)氧非對映體混合物,以>20:1的比例進(jìn)行1,5-HAT而不是β-斷裂。碘化物25在用DMDO處理后消除,得到不穩(wěn)定的環(huán)氧烯烴,用高氯酸水溶液水合提供26。與(+)-tutin (1)的合成類似,可以總步驟13-17步,總產(chǎn)率2.6-3.6%得到 (+)-coriamyrtin (13)。

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圖4. 參數(shù)化和預(yù)測

(圖片來源:Nature

成功預(yù)測庫成員的選擇性需要很高的計算成本,作者搜索了可以準(zhǔn)確預(yù)測HAT與β-斷裂相對速率的參數(shù),而無需計算過渡態(tài)或產(chǎn)物。分析發(fā)現(xiàn),B環(huán)對A環(huán)二面角ψ和φ的影響決定了1,5-HAT和β-斷裂的選擇性(圖4c)。較小的φ值使O3靠近C15,加速1,5-HAT;ψ和φ組合影響NBO電荷,電荷越大,HAT越快。結(jié)果發(fā)現(xiàn),ψ=–70°和φ=–30°最有利于1,5-HAT。  

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圖5. 通過虛擬庫選擇輔助導(dǎo)航化學(xué)空間
(圖片來源:Nature

總結(jié)

Scripps研究所的Ryan A. Shenvi教授課題組建立了一個虛擬庫,其中包含后期中間體類似物,對這些類似物根據(jù)反應(yīng)性進(jìn)行分類并改變了合成途徑,可高效實現(xiàn)25種picrotoxanes的簡潔合成。 

在計算機(jī)輔助合成規(guī)劃(CASP)中,關(guān)注個別反應(yīng)的可行性代表了特異性與覆蓋率或分辨率與速度之間的權(quán)衡,這對于復(fù)雜分子來說是有意義的,因為慢步驟是合成而不是設(shè)計。預(yù)先探索關(guān)鍵中間體類似物將任何合成的主要活動提前到設(shè)計階段,這雖然延長了設(shè)計時間,但總體上節(jié)省了時間。這種方法在基于轉(zhuǎn)化的策略受到限制時最為合理,該策略通過識別一個或多個關(guān)鍵中間體來應(yīng)對EXTGT樹的指數(shù)“一變多”問題。隨著計算能力和軟件的進(jìn)步,“準(zhǔn)確預(yù)測反應(yīng)結(jié)果”這一目標(biāo)變得可以實現(xiàn),并導(dǎo)致了本文描述的虛擬庫搜索,并簡潔合成了25種picrotoxanes。本文的目標(biāo)是探索這些化學(xué)類型作為選擇性離子通道抑制劑,本文的許多同系物缺乏不穩(wěn)定的C11內(nèi)酯,可能證明是擾亂GABA能信號傳導(dǎo)的有用線索。這些簡潔的合成使得徹底探索picrotoxane化學(xué)空間成為可能。

本文的解決方案涉及一個單獨(dú)的預(yù)測模塊,用于數(shù)據(jù)庫表示較少的步驟:只需5個實驗數(shù)據(jù)點(diǎn)即可進(jìn)行準(zhǔn)確的DFT基準(zhǔn)測試。這種方法不僅有效,還反映了多步合成活動的現(xiàn)實情況,通常探索(非虛擬)類似物庫以達(dá)成最終的目標(biāo)生成模板(TGT)。

文獻(xiàn)詳情:

Total synthesis of twenty-five picrotoxanes by virtual library selection. 
Chunyu Li (李春雨) & Ryan A. Shenvi*. 
Nature2024
https://doi.org/10.1038/s41586-024-08538-y

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